شرکت ملی شیمی کشاورز دارای انبارهای مختلف با زیرساخت‌های بسیار قدرتمند جهت انبارش مواد اولیه و محصولات می‌باشد. این انبارها به سیستم‌های اعلام و اطفاء حریق و کلیه تمهیدات لازم جهت جلوگیری از بروز خطر و مقابله با آن مجهز شده است. انبار مواد اولیه این انبار بصورت مسقف و دور باز با ارتفاع حداقل ۱۲ متر جهت انبارش مواد اولیه شیمیایی که حساسیت کمی به شرایط محیط داشته و عموما تناژ و حجم بالایی دارند، مورد استفاده می‌گیرد. انبار فنی (قطعات) این انبار دارای قفسه بندی از نوع دژپاد و با استاندارد بسیار بالا قطعات و تجهیزات ابزار دقیق،مکانیکی، برقی، سیستماتیک که مربوط به دستگاه‌های تولید می‌باشند را در خود جای داده است. انبار محصولات این انبار در قالب سالن‌های کاملا پوشیده، تحت کنترل دمایی و رطوبت، بسته به حساسیت محصولات شیمیایی موجود در کارخانه ساخته شده است. انبار ملزومات این انبار در قالب سالن کاملا پوشیده، تحت کنترل دمایی و رطوبت، بسته به حساسیت ملزومات، لیبل و سایر مواد مرتبط با بسته‌بندی مورد استفاده قرار می‌گیرد. انبار قرنطینه این انبار با سیستم کنترل دما، رطوبت و نور جهت نگهداری بهینه مواد اولیه، مواد حد واسط و محصولاتی که بایستی زمان مشخصی تحت شرایط خاص نگهداری شوند، ساخته شده است. انبار امحا این انبار بصورت سرپوشیده بنا شده است. که اختصاص به پسماند‌های مایع و پسماند‌های خشک دارد.